Opening CG
20XX年肯尼亚图尔卡纳湖，考古学家所率领的挖掘队发现了磁气物质ゾハル的遗迹，他们断然没有想到，这种沉睡在地底时间超过人类的物质会给以后迈向太空的人类造成多大的影响……
4000年后，KOS-MOS启动试验
エンセフェロン模拟战斗区域（希腊语中的 “脑”）
模拟战斗区域的敌人都不是很强，尤其是KOS-MOS在的情况下。在sAve点附近打倒“トレ—ムSPX”可以得到“ミッションキ—”，用来打开里面的房间，和boss“トレ—ムGX”战斗。可以使用A.G.W.S.
战斗结束后返回ヴォ—クリンデ。这里可以再度挑战，当主角一个人再次进入エンセフェロン的时候，到原来打BOSS的地方会发现红色的盒子，打开后得到机器人对战游戏的进入执照“バトルパスポ—ト”，以后在带有EVS字样的记录点使用这个道具就可以打迷你游戏BATTLERING（“电脑战机”）了。
ヴォ—クリンデ战舰Woglinde
KOS-MOS调整室至第一格纳库
向ブリッジ（舰桥）方向前进（路上有看版地图），此时可以在调整室进入エンセフェロン训练。和第一通路前的男子对话可以交换E-MAIL地址。路上经过紫音自己的房间拿到“调整用デ—タ”，这里可以记录和休息。路上看守三重门的军人很有趣，先跟他对话再启动旁边的switch开关隔离门看看，会有不一般的发现……
レアリエン调整室至ブリッジ舰桥
在调整室和レアリエン（合成人类）们对话，发生事件，巴吉尔闯入。继续前进的路上被废弃物碎块挡住路，和旁边操纵钻头机械的男子对话后可以以迷你游戏“DRILLER”的方式来清楚障碍，完成后得到钻头游戏进入执照“ドリルパスポ—ト”和奖励品“アクアジストS”。在红门边的スワガ曹长处得到“セグメントF”，这是个非常重要的道具，用来察看已经发现的隐藏房间和解除钥匙。在第四通路可以和士兵玩追人游戏“かけっこ”，玩3次可以得到3个“アクアジスト”（当然这里作重要的作用是为了发生灵异体袭击事件后，如何有效躲避敌人而作练习）。乘坐电梯可进入ブリッジ舰桥，发生事件。
A.G.W.S.格纳库至紫音的房间
和格纳库左边房间的人对话得到紫音的武器“M.W.S.”，右边房间的是道具商。和格纳库里右上的人对话可以进入A.G.W.S.战斗练习模式。之后回到紫音的房间休息，发生事件，灵异体来袭。
紫音的房间至A.G.W.S.格纳库
一边躲避灵异体一边绕道向格纳库方向前进。第一次强制战斗退出，以后就不能再碰到任何灵异体，否则GAME OVER。接下来就看玩家METAL GEAR中练就的潜入本领了。第一个用关门的方法躲避；第二个绕到电影放映机开关给他看电影；第三个要接近引一下再躲进通信室，这里有SAVE点，里面的宝箱呆会儿才能拿。第四个要打开空间门把它吸出去。值得注意的是在第四通路前有两个灵异体包围着一个宝箱，虽然它们不会像其他灵异体那样追赶玩家，但一旦被他们口中的尖刺刺中就立即进入必然game over的战斗，如何去的中间的宝箱需要玩家良好的控制，最重要的是冲入的时机，宝箱里的道具是用来减弱敌人ェテル攻击力的“女神之盾”两枚。继续前进到第四通路和士兵对话得到“破碎プラグイン”，可以回到通信室SAVE点破坏玻璃门打开宝箱得到“デコ—ダ18”（门在第一通路，道具“コ`ト 雷”，而且必须注意宝箱边有灵异体看护，必须在它背过身时迅速拿取）。
レアリエン调整室至紧急脱出仓
前往KOS-MOS调整室，路上经过スワガ曹长处可以得到“デコ—ダ7”，从船员室门前倒地的男子身上得到“船员部屋の键”。之后和KOS-MOS汇合，这以后就可以和灵异体直接战斗不用逃跑了。巴吉尔在这里会暂时成为同伴，不过为了避免浪费，加上敌人也不算太强，所以干脆不给他装备任何东西。
主要敌人资料：
サイクロップス HP560 EXP560 金800 弱点雷 攻击スプレッドビ—ム
スカイフィッシュ HP240 EXP150 金0 弱点突 攻击スプレッドビ`ム
ミノタウロス HP920 EXP720 金0 弱点BEAM 攻击落雷、扩散ビ—ム、重力波
事件：脱出，遇ELSA号。
事件：接触小委员会委派ZIGGI解救MOMO
小行星プレロマ（原神世界）
港エリア至牢房
操作人物变为ZIGGI一个人。潜入路线比较简单，战斗中敌人如果是U-tic兵就用□→△组合，如果是机械敌人就先防御一回攒满六点AP后用必杀技ライオネルハンド，同时注意防毒。途中有巨大的A.G.W.S.要动用左边的开关躲开，如果不打算躲开而直接击倒则会得到“デコ`ダ4”，当然在以后强化后来拿也可以。进入关押MOMO区域的门在礼拜堂通路，获得道具是一个“盗贼の笼手”。见到MOMO后要找到“マスタ—キ—”开门。
控制室-牢房-港エリア
进入后和看守机械“ガ`ディスM1”战斗，它身后的宝箱是“マスタ—キ—”。回到牢房救出MOMO，加入队伍。控制室端末操作解除门锁进入地下道继续前进。在“资材放置场”遇到“ツオルフォ和メルクリオ¡2”，在司令室SAVE，通过礼拜堂回到港エリア，遇BOSS“マ—グリス”
主要敌人资料：
メルクリオ HP640 EXP150 金200 攻击カウンタ`ブ`スト アクアジストS
ツオルフォ HP820 EXP200 金200 攻击グレネ`ドライフル
マ`グリス HP820 EXP2400 金3000 攻击 雷凤（雷吸收）、炎龙（炎吸收）、千咒剑、无怨杀
エルザ（ELSA）
故事回到ELSA号。先在船里面到处探索一下，餐厅的机器人那里可以购买卡片游戏进入执照“カ—ドパスポ—ト”。卡片游戏的攻略另著文详解。“解除KEY”在第二キャビン（女性CABIN客舱）的沙发上。托尼在格纳库拜托你寻找“危险宙域DATA”，奖品是アクアジストDX。方法是回到舰桥，在舰长拜托你检查カタパルト之后和舰长对话即可得到。
在舰桥-カタパルト-舰桥之间往返，发生侵入事件。先操作紫音，再操作ZIGGI，到第二格纳库途中ZIGGI和MOMO加入队伍。在格纳库和BOSS“DOMOキャリ—”战斗，然后发生汇合事件。
敌人资料：
DOMOキャリ` HP1800 EXP4500 金0 弱点雷 攻击激震、レザ—ライフル
战利品：耐ビ`ム装甲板
胜利后带领ZIGGI和MOMO在船内参观，可以在舱内休息和前往“ドックコロニ”（停泊居住区）。在厨房可以见到KOS-MOS洗盘子的事件。
U-TIC战舰
战斗角色变为Jr.和他的助手。和“DOMO-αÁ2、DOMO-βÂ2”战斗。进入U-TIC战舰，破坏两个红外线感应器打开门开关。在No.4扉操作室打开No.4门进入。询问途中的小房间里的士兵（和搭乘者的对话顺序是右左左右左右右左右右左）
在司令室拿到“No.3カ—ド”，途中的小房间有“U-TICカ—ド”，可以解除有“デコ`ダ11”的房间的锁。
从打开的第三通路前往舰桥，检查游标操作端末，和“アンビクス”战斗。终了后前往ELSA。
敌人资料：
アンビクス HP1200 EXP1800 金0
战利品：フレ—ムリペアZ 稀有品：B-MAX回路
ドックコロニ—（停泊居住区） 
